Looker を使用して臨床データを可視化する

1. はじめに

6f1f36c29035252c.png

最終更新日: 2022 年 9 月 22 日

この Codelab では、Looker を使用して BigQuery に集約された臨床データにアクセスして可視化するソリューションを実装します。Looker を使用して大規模な医療データセットを探索する方法について説明します。Looker は Google Cloud BigQuery とシームレスに統合されているため、Google Cloud で人口レベルと患者レベルのダッシュボードをすばやく簡単に構築できます。

この Codelab では、次の方法について学びます。

  • 事前プロビジョニングされた Looker インスタンスで既存の LookML プロジェクトを調べる。
  • Looker で Look を作成します。
  • Looker で人口レベルのダッシュボードを作成します。
  • Looker で患者レベルのダッシュボードを作成します。
  • ダッシュボードをリンクします。
  • PDF ファイルを添付して、Look とダッシュボードをメールで送信するスケジュールを設定します。

この Codelab を実行するには何が必要ですか?

  • Looker インスタンスにアクセスできる必要があります。この Codelab 用に Looker インスタンスがプロビジョニングされます。フォームを送信して、Looker インスタンスへのアクセスをリクエストできます。アクセス権は瞬時にプロビジョニングされます。
  • Looker インスタンスは BigQuery のデータにアクセスします。この Codelab では、BigQuery のテスト データセット(hcls-public-data:fhir_20k_patients_analytics)が事前に作成されています。

2. Looker へのアクセス権をリクエストする

このセクションでは、登録フォームを送信して Looker インスタンスへのアクセス権を取得します。Looker に登録してアクセス権を取得したら、ログインして Looker でレポートとダッシュボードを作成できます。

ユーザー登録

  1. 新しい Looker アカウントを登録するには、こちらのフォームにご記入ください。フォームを送信すると、アカウントを有効化し、パスワードを設定して登録を完了するためのメールが届きます。

2cee1d00d1192e09.png

  1. Looker からウェルカム メールが届いたら、[アカウントを有効にする] をクリックします。

51795aca118d0d77.png

  1. 次に、アクティベーション フォームが表示されます。有効化フォームに記入してパスワードを設定し、アカウントを有効にします。Looker のホーム画面が表示されます。

Looker にログインする

こちらのリンクを使用して Looker にログインします。

c2f08abe83066b0a.png

3. 既存の LookML プロジェクトを探索する

  1. Looker で、[Develop] プルダウンに移動します。既存の bqlooker_codelab LookML プロジェクトを選択して、探索を開始します。[Look ML Project's Model and View files] ウィンドウが表示されます。

db6161e0481ec8aa.png

  1. [もう一度検証] をクリックして、エラーを確認します。緑色の「LookML の問題はありません」は、成功を示しています。

b1e66fc8575cf93d.png

  1. [Explore] プルダウンをクリックして、既存のすべての Explore を表示します。Explore は、レポート(Look)の基本的な SQL クエリの構成要素です。

c8ba6d3eb6424f3f.png

4. 寸法と測定

LookML xxx.view ファイルを変更して、カスタマイズしたディメンションとメジャーを追加する

  1. [Develop] プルダウンをクリックします。
  2. 紫色の [Development Mode] ボタンをスライドしてオンにします。

f68d7db2ce8d5959.png

  1. [探索] プルダウンをクリックし、[Patients with Conditions and Medications] を選択します。
  2. [Count] の横にある歯車アイコンをクリックし、[LookML に移動] を選択して「patients_with_conditions_and_medications.view」を開きます。

83907cc21ded98b8.png

  1. このビューには、[Develop>bqlooker_codelab>Expand the view] からアクセスすることもできます。
  2. 次のコード スニペットを「patients_with_conditions_and_medications.view」ファイルに含めて、「number_of_patients」を新しい指標として追加します。
  measure: number_of_patients {
    type: count
    drill_fields: [lastname]
  }

次のスクリーンショットは、ファイル patients_with_conditions_and_medications.view のコード スニペットを示しています。

6110b96ed1179095.png

  1. [保存] をクリックします。[Explore -> Patients with Conditions and Medications] ウィンドウに戻り、画面を更新して、新しい指標「Number of Patients」が追加されたことを確認します。

16038cab96f74196.png

  1. [探索] プルダウンをクリックし、[Patient Vital Info] を選択します。
  2. [Count] フィールドの横にある歯車の記号をクリックし、[LookML に移動] を選択して「patient_vital_info.view」を開きます。
  3. ‘patient_vital_info.view' ファイルに次のコード スニペットを含めて、‘RoundedValue' をディメンションとして、‘DIA'‘SYS' を指標として追加します。
dimension: RoundedValue {
    type: number
    sql: round(${value},2);;
  }

  measure: DIA {
    type: average
    sql:
     CASE
       WHEN ${patient_vital_info.measurement} like "%Diastolic%"
       THEN round(${value},0)
     END;;
  }

  measure: SYS {
    type: average
    sql:
     CASE
       WHEN ${patient_vital_info.measurement} like "%Systolic%"
       THEN round(${value},0)
     END;;
  }

次のスクリーンショットは、ファイル内のコード スニペットを示しています。

75c922473abc9f73.png

  1. [保存] をクリックします。[Explore -> Patient Vital Info] ウィンドウに戻り、画面を更新して、新しいフィールドが追加されたことを確認します。

b8e85014fbbd0c90.png

5. Looks

ルックを整理するためのフォルダ構造を作成する

  1. [Browse] をクリック -> 個人用フォルダ(Codelab User のフォルダなど)を選択
  2. [新規] ボタンをクリックして、[フォルダ] を選択します。

82cbf44cce48109d.png

  1. フォルダ名「Population Management」を入力し、[フォルダを作成] ボタンをクリックします。

d9df1fa518413dab.png

  1. ステップ 1、2、3 を繰り返して、個人用フォルダの下に 「Patient Level Visualization」という名前の別のフォルダを作成します。
  2. 個人用フォルダの下に 2 つのフォルダがあるはずです。

d64297beed1ce1c3.png

人口管理のためのルックを作成する

Looker で、[Explore] プルダウンをクリックし、[Patients with Conditions and Medications] を選択して、レポートとビュー(ルックとも呼ばれます)を作成します。

次の手順で、条件と薬の数による患者リスト Look を作成します。

  1. [Condition Desc] ディメンションと [Med Count] ディメンションの横にある [フィルタ] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 2 つの条件でデータをフィルタします。
  • Condition DescDiabetes、Diabetes_Hypertension、Hypertension と等しい。
  • Med Count13 以上である。

daea65e9287b81ee.png

  1. 各フィールドをハイライト表示して [Patient ID]、[Med Count]、[Condition Desc] の各ディメンションを選択し、[結果] セクションに [Patient ID]、[Med Count]、[Condition Desc] の各データ要素を追加します。

f1bad1e9ba311b27.png

  1. [ビジュアライゼーション] タブの [] アイコンをクリックして、[患者 ID]、[薬の数]、[病状の説明] のデータ要素をビューに追加します。

9d7dd76fa72e5cf5.png

  1. [実行] をクリックして結果を取得します。

fe61a95ccb34d32.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加したり、ビューの情報を更新したりします。各テキスト ボックスにカーソルを置き、目的のテキストを入力してデフォルトのテキストを上書きします。

ee643e07120550b9.png d0a0abd6a4031146.png bfd9ee54148ea0e0.png

  1. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。

7ea332e439732a3d.png

  1. [Population Management] フォルダを選択します。
  2. タイトルと説明を入力します。

285a722abf85f212.png

  1. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。

4aae07a335a10840.png

  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Patients list by conditions and number of medications](病状と投薬数別の患者リスト)リンクをクリックして、Look を開きます([Save & View Look](Look を保存して表示)ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Population Management] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

70e770ca340c82b1.png

次の手順で、[Total number of patients by conditions](条件別の患者の合計数)ルックを作成します。

  1. [Condition Desc] ディメンションと [Med Count] ディメンションの横にある [フィルタ] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 2 つの条件でデータをフィルタします。
  • Condition DescDiabetes、Diabetes_Hypertension、Hypertension と等しい。
  • Med Count13 以上である。
  1. [Number of Patients] 指標を選択するには、フィールドをハイライト表示して、[RESULTS] セクションに「患者数」データ要素を追加します。
  2. [ビジュアリゼーション] タブの [単一の値] アイコンをクリックして、ビューに「患者数」データ要素を追加します。
  3. [実行] をクリックして結果を取得します。

7b96418cef4abead.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加したり、ビューの情報を更新したりします。各テキスト ボックスにカーソルを置き、目的のテキストを入力してデフォルトのテキストを上書きします。
  2. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  3. [Population Management] フォルダを選択します。名前と説明を入力します。
  4. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。
  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Total number of patients by conditions] リンクをクリックして、Look を開きます([Save & View Look] ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Population Management] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

次の手順で、薬の数別の患者数の Look を作成します。

  1. [Condition Desc] ディメンションと [Med Count] ディメンションの横にある [フィルタ] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 2 つの条件でデータをフィルタします。
  • Condition DescDiabetes、Diabetes_Hypertension、Hypertension と等しい。
  • Med Count13 以上である。
  1. 各フィールドをハイライト表示して [Med Count] ディメンションと [Number of Patients] 指標を選択し、[結果] セクションに「Med Count」と「Number of Patients」のデータ要素を追加します。
  2. [ビジュアライゼーション] タブの [] アイコンをクリックして、[Med Count] と [Number of Patients] のデータ要素をビューに追加します。
  3. [実行] をクリックして結果を取得します。

5e8b8defa38c95e7.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加したり、ビューの情報を更新したりします。各テキスト ボックスにカーソルを置き、目的のテキストを入力してデフォルトのテキストを上書きします。
  2. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  3. [Population Management] フォルダを選択します。名前と説明を入力します。
  4. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。
  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Patient count by number of medications] リンクをクリックして、Look を開きます([Save & View Look] ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Population Management] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

次の手順で [Patient count by conditions](条件別の患者数)Look を作成します。

  1. [Condition Desc] ディメンションと [Med Count] ディメンションの横にある [フィルタ] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 2 つの条件でデータをフィルタします。
  • Condition DescDiabetes、Diabetes_Hypertension、Hypertension と等しい。
  • Med Count13 以上である。
  1. 各フィールドをハイライト表示して [Condition Desc] ディメンションと [Number of Patients] 指標を選択し、[結果] セクションに「Condition Desc」と「Number of Patients」のデータ要素を追加します。
  2. [Visualization] タブの [Pie] アイコンをクリックして、[Condition Desc] と [Number of Patients] のデータ要素をビューに追加します。
  3. [実行] をクリックして結果を取得します。

3c6caaaa3fdb048e.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加したり、ビューの情報を更新したりします。
  2. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  3. [Population Management] フォルダを選択します。タイトルと説明を入力します。
  4. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。
  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Patient count by conditions](病状別の患者数)リンクをクリックして、Look を開きます([Save & View Look](Look を保存して表示)ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Population Management] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

患者集団レポートの概要

Looker で、[Browse] プルダウンをクリックし、[<<Personal Folder>>] を選択して、[Population Management] フォルダを選択し、4 つのレポート(Look とも呼ばれます)が作成されたことを確認します。

38cd8ffa2313d3df.png

患者のバイタル情報を表示する Look を作成する

Looker で、[Explore] プルダウンをクリックし、[Patient Vital Info] を選択してレポートとビュー(ルックとも呼ばれます)を作成します。

次の手順で、患者の血圧測定ルックをビルドします。

  1. [Dateofmeasurement Date]、[Measurement]、[Patient ID] ディメンションの横にある [FILTER] ボタンをクリックして、フィルタリング条件を追加します。この Codelab では、次の 3 つの条件でデータをフィルタします。
  • Dateofmeasurement Date過去 10 年以内である。
  • MeasurementBlood Pressure が含まれています。
  • 患者 ID287b4723-9c8d-495a-9915-54386d8dcc31 と等しい。

45b4ebc9e4c65c19.png

  1. [Dateofmeasurement Date] ディメンションと [Dia](拡張期)と [Sys](収縮期)の指標を選択します。各フィールドをハイライト表示して、[結果] セクションに [Dateofmeasurement Date]、[Dia](拡張期)、[Sys](収縮期)のデータ要素を追加します。

b32ddda90eb4efd5.png

  1. [可視化] タブの [折れ線] アイコンをクリックして、[Dateofmeasurement Date]、[Dia](拡張期)、[Sys](収縮期)のデータ要素をビューに追加します。

e5eb961703a24fec.png

  1. [実行] をクリックして結果を取得します。

5930e67f72f7a70a.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューの情報を追加または更新します。各テキスト ボックスにカーソルを置き、目的のテキストを入力してデフォルトのテキストを上書きします。

240deae11efd4b11.png 78a45a6a66dc7e03.png 653f3b9feeaf2140.png 687c63f04161908.png

  1. フィルタ条件 Dateofmeasurement Date2015-04-02 から 2015-08-02 の範囲に変更して、血圧測定値のクラスタを拡大します。

b1eb9368abecbb41.png

  1. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  2. [Patient Level Visualization] フォルダを選択します。タイトルと説明を入力します。

2b8a27cc7f0a7677.png

  1. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。

780e346576d7cd4c.png

  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[血圧] リンクをクリックして、ルックを開きます([ルックを保存して表示] ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Patient Level Visualization] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

cfb7d32b3161bb1d.png

次の手順で、患者のボディマス指数の測定値の Look を作成します。

  1. [Dateofmeasurement Date]、[Measurement]、[Patient ID] ディメンションの横にある [FILTER] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 3 つの条件でデータをフィルタします。
  • Dateofmeasurement Date過去 10 年以内である。
  • 測定にはボディマス指数が含まれます。
  • 患者 ID287b4723-9c8d-495a-9915-54386d8dcc31 と等しい。
  1. 各フィールドをハイライトして [Roundedvalue]、[Dateofmeasurement Date]、[Measurement] のディメンションを選択し、[結果] セクションに [Roundedvalue]、[Dateofmeasurement Date]、[Measurement] のデータ要素を追加します。
  2. [可視化] タブの [折れ線] アイコンをクリックして、[Roundedvalue]、[Dateofmeasurement Date]、[Measurement] のデータ要素をビューに追加します。
  3. [実行] をクリックして結果を取得します。

a7ab2b0a12444b3.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加したり、ビューの情報を更新したりします。
  2. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  3. [Patient Level Visualization] フォルダを選択します。タイトルと説明を入力します。
  4. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。
  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Body Mass Index] リンクをクリックして、ルックを開きます([Save & View Look] ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Patient Level Visualization] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

次の手順で、患者のヘモグロビン A1c 測定値のルックを作成します。

  1. [Dateofmeasurement Date]、[Measurement]、[Patient ID] ディメンションの横にある [FILTER] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 3 つの条件でデータをフィルタします。
  • Dateofmeasurement Date過去 10 年以内である。
  • 測定値にはヘモグロビン A1c が含まれます。
  • 患者 ID287b4723-9c8d-495a-9915-54386d8dcc31 と等しい。
  1. 各フィールドをハイライトして [Roundedvalue]、[Dateofmeasurement Date]、[Measurement] のディメンションを選択し、[結果] セクションに [Roundedvalue]、[Dateofmeasurement Date]、[Measurement] のデータ要素を追加します。
  2. [可視化] タブの [折れ線] アイコンをクリックして、[Roundedvalue]、[Dateofmeasurement Date]、[Measurement] のデータ要素をビューに追加します。
  3. [実行] をクリックして結果を取得します。

e9a2683fa4c7a6dd.png

  1. [ビジュアリゼーション] タブの [編集] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加または更新します。
  2. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  3. [Patient Level Visualization] フォルダを選択します。タイトルと説明を入力します。
  4. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。
  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Hemoglobin A1c] リンクをクリックして、Look を開きます([Save & View Look] ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Patient Level Visualization] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

次の手順で、患者の測定値テーブルの Look を作成します。

  1. [Dateofmeasurement Date] ディメンションと [Patient ID] ディメンションの横にある [フィルタ] ボタンをクリックして、フィルタ条件を追加します。この Codelab では、次の 2 つの条件でデータをフィルタします。
  • Dateofmeasurement Date過去 10 年以内である。
  • 患者 ID287b4723-9c8d-495a-9915-54386d8dcc31 と等しい。
  1. 各フィールドをハイライト表示して [Dateofmeasurement Date]、[Measurement]、[Roundedvalue]、[Unit] の各ディメンションを選択し、[結果] セクションに [Dateofmeasurement Date]、[Measurement]、[Roundedvalue]、[Unit] の各データ要素を追加します。
  2. [可視化] タブの [] アイコンをクリックして、[測定日(Dateofmeasurement)]、[測定値(Measurement)]、[丸められた値(Roundedvalue)]、[単位(Unit)] のデータ要素をビューに追加します。
  3. [実行] をクリックして結果を取得します。

dbda2438db964535.png

  1. [Visualization] タブの [EDIT] の下矢印をクリックして、ビューに情報を追加したり、ビューの情報を更新したりします。
  2. [実行] ボタンの横にある歯車アイコンをクリックし、[Look として保存] を選択します。
  3. [Patient Level Visualization] フォルダを選択します。タイトルと説明を入力します。
  4. [Look を保存して表示] または [保存] ボタンをクリックして、Look を保存します。
  • [Look を保存して表示] ボタンをクリックすると、Look ビューが表示されます。
  • [保存] ボタンをクリックすると、[データ探索] ビューの上部に緑色のバナーが表示されます。[Measurements Table] リンクをクリックして、Look を開きます([Save & View Look] ボタンをクリックしたかのように表示されます)。[Patient Level Visualization] リンクをクリックしてフォルダを開きます。そこから、ルックを選択して開くことができます。

患者のバイタル情報レポートの概要

Looker で、[Browse] プルダウンをクリックし、[<<Personal Folder>>] を選択してから、[Patient Level Visualization] フォルダを選択して、4 つのレポート(Look とも呼ばれます)が作成されたことを確認します。

1ce494230e5354d.png

6. ダッシュボード

Looker でダッシュボードを作成する方法はいくつかあります。

  • ゼロから作成する
  • 保存した Look から
  • [Explore] ページのクエリから。

この Codelab では、保存した Look からダッシュボードを作成する方法について説明します。

人口 ダッシュボードを作成する

  1. Look が保存されている個人用フォルダまたはサブフォルダ(人口管理など)を参照します。
  2. 開く Look を選択します(例: 患者リスト(病状別、投薬数別))。
  3. 歯車アイコンをクリックして [ダッシュボードに保存] を選択するか、[ダッシュボードに追加] リンクをクリックして、Look をダッシュボードに追加します。

cad0590695fd3489.png

  1. [新しいダッシュボード] ボタンをクリックします。ダッシュボードの名前を入力し、[OK] をクリックします。または、既存のダッシュボードを選択します。
  2. [Add Look to Dashboard] ボタンまたは [Save to Dashboard] ボタンをクリックします。どちらを選択しても、Look がダッシュボードに追加されます。
  3. [Look をダッシュボードに追加] ボタンをクリックすると、Look ビューの [ダッシュボード] セクションにダッシュボードのリンクが表示されます。この記号 66283c5cdd8b8a5d.png は、フォルダビューにも表示されます。

a7a6db7d35e4efc0.png

  1. [ダッシュボードに保存] ボタンをクリックすると、Look ビューの [ダッシュボードに表示] セクションに [いいえ] が表示されます。

c4298dc01ba79577.png

  1. 手順 1 ~ 5 を繰り返して、ダッシュボードに Look をさらに追加します。
  2. [Browse] プルダウンをクリックし、[<<Personal Folder>>] を選択して、[Population Management] フォルダを選択します。4 つの Look がすべて新しい「人口ダッシュボード」に追加されたことを確認します。

a4e6ab3aef0588ff.png

  1. [Population Dashboard] をクリックして開きます。
  2. [編集] ボタンをクリックして、タイルを自由に並べ替えます。
  3. [フィルタ] メニューをクリックして、人口統計ダッシュボードにフィルタを追加します。
  4. [新しいフィルタ] ボタンをクリックします。
  5. フィルタ名(例: 服用した薬の数)を指定し、タイプ(例: フィールド)を選択します。
  6. [Select a field to link to this filter] セクションで、[Model](Bqlooker Codelab など)、[Explore](Patients with Conditions and Medications など)、[Field](Med Count など)を選択します。
  7. デフォルト値を設定します(例: Med Count >= 13)。
  8. [すべて] ボタンをクリックするか、各タイルの紫色のボタンをスライドして、このフィルタが変わったときに更新するダッシュボード タイルを選択します。
  9. [保存] をクリックします。

348feac230ecacff.png

  1. [編集完了] をクリックし、ダッシュボードを再度 [実行] して、すべてのフィルタが想定どおりに動作することを確認します。

bfef3d848a3c473f.png

患者 ダッシュボードを作成する

  1. Look が保存されている個人用フォルダまたはサブフォルダ(Patient Level Visualization など)を参照します。
  2. 右上にある [新規] ボタンをクリックし、[ダッシュボード] を選択して、名前(「患者ダッシュボード」など)を入力します。

2f6c4ece4eaf08d.png

  1. [Create Dashboard] ボタンをクリックします。

b421b164c0db0fad.png

  1. オプション 1: [新しいタイル] をクリックし、Explore を選択して、Look と同じタイルを作成します。
  2. オプション 2: [Look を追加] リンクをクリックし、[+追加] ボタンをクリックして Look を追加(または [削除] をクリックして Look を削除)し、[ダッシュボードを更新] ボタンをクリックします。この Codelab ではオプション 2 を使用しました。

5eb5de60f20c3deb.png

  1. [Patient Dashboard] が [Edit] モードで表示されます。必要に応じてタイルを並べ替えます。
  2. [フィルタ] メニューをクリックして、患者と日付のフィルタを患者ダッシュボードに追加します。
  3. [新しいフィルタ] ボタンをクリックします。
  4. フィルタ名(例: 患者)を指定し、タイプ(例: フィールド)を選択します。
  5. [Select a field to link to this filter] セクションで、[Model](例: Bqlooker Codelab)、[Explore](例: Patient Vital Info)、[Field](例: Patient ID)を選択します。
  6. デフォルト値を設定します(例: 患者 ID = 287b4723-9c8d-495a-9915-54386d8dcc31)。
  7. [すべて] ボタンをクリックするか、各タイルの紫色のボタンをスライドして、このフィルタが変わったときに更新するダッシュボード タイルを選択します。
  8. [保存] をクリックします。
  9. 手順 5 を繰り返して、日付フィルタを追加します([Field] = [Dateofmeasurement Date] を選択し、デフォルト値は過去 10 年間に設定します)。

7d1fc8193ca3fd35.png

  1. [編集完了] をクリックし、ダッシュボードを再度 [実行] して、すべてのフィルタが想定どおりに動作することを確認します。

ca8e6ca2330f171d.png

  1. 血圧測定値の「クラスタ」を拡大するため、2015 年 4 月 2 日から 2015 年 8 月 2 日までの範囲になるように [Date] フィルタを変更します。
  2. [編集完了] をクリックし、ダッシュボードを再度 [実行] して、すべてのフィルタが想定どおりに動作することを確認します。

8a929e8de315595a.png

  1. [Browse] プルダウンをクリックし、[<<Personal Folder>>] を選択して、[Patient Level Visualization] フォルダを選択し、4 つの Look がすべて新しい [Patient Dashboard] に追加されていることを確認します。

effc586ae36ce003.png

7. ダッシュボードをリンクする

この Codelab では、次の手順に沿って、人口ダッシュボードから患者ダッシュボードへのリンクを作成します。

  1. [Browse] プルダウンをクリックし、[<<Personal Folder>>] を選択して、[Patient Level Visualization] フォルダを選択します。
  2. [Patient Dashboard] を開き、URL(例: https://googlecodelabs.gw1.cloud.looker.com/dashboards/9?Patient)をコピーします。

1284eb6a608f552a.png

  1. [Develop] プルダウンをクリックし、紫色のボタンをスライドして開発モードをオンにしてから、bqlooker_codelab という LookML プロジェクトを選択します。

942d1e4f1e3e1d75.png

  1. [patients_with_conditions_and_medications.view] を選択して個人用ブランチで開き、次のコード スニペットを dimension: patient_id{} の内側に追加して、人口統計ダッシュボードから患者ダッシュボードへのリンクを作成します。
 link: {
     label: "View key vitals"
     url: "https://googlecodelabs.gw1.cloud.looker.com/dashboards/9?Patient={{value}}"
 }

次のスクリーンショットは、ファイル内のコード スニペットを示しています。

79e538668b92ec58.png

  1. 右上にある [保存] ボタンをクリックします。
  2. 人口ダッシュボードをブラウジングして開きます。
  3. 患者 ID の横にある 「...」 記号をクリックします。
  4. [View key vitals] を選択して、患者ダッシュボードを開きます。

ad4548ee5fb34a84.png

f6fe4a93cb34f7b5.png

8. メールで Look とダッシュボードの配信をスケジュールする

  1. [開発] プルダウンに移動し、紫色のボタンをスライドして開発モードをオフにします。
  2. ダッシュボードを参照して、ダッシュボードを選択します。
  3. その他アイコン(3 つの点が縦に並んだアイコン)をクリックし、[スケジュールを追加] を選択します。

8950241a90f0aec3.png

  1. すべての情報を入力します。
  2. 必要に応じてオプションを選択します。
  3. メールアドレスを追加します([追加] をクリック)。
  4. [すべて保存] をクリックします。
  5. [送信テスト] ボタンをクリックして、ダッシュボードの配信をテストします。この例では、午前 6 時から午後 6 時まで 5 分ごとにメールが送信されます。

f75257827b4812b2.png

  1. Looker から送信されたメールが届いているか、メールボックスを確認します。メールにはダッシュボードが PDF ファイルとして添付されています。

62a9f605dd4fcb7f.png

  1. [縦に並んだ 3 つの点] の記号をクリックし、[スケジュールを編集] を選択すると、いつでもスケジュールを編集できます。

5d2b02f8ae063414.png

  1. Look を送信するスケジュールを設定する場合も、同様のメカニズム(ステップ 1 ~ 10)を適用します。

be952b5676da36ec.png

9. クリーンアップ

Looker アカウント

Looker のアカウントは 10 日ほどで削除される可能性があります。

10. 完了

これで、Looker を使用して FHIR 形式の臨床データにアクセスし、クエリを実行して可視化する Codelab は終了です。

GCP で一般公開の BigQuery データセットにアクセスしました。

事前プロビジョニングされた Looker インスタンスで既存の LookML プロジェクトを調べた。

Looker で Look とダッシュボードを作成した。

ダッシュボードをリンクしました。

PDF ファイルを添付してメールで Look とダッシュボードを送信するようにスケジュール設定しました。

これで、BigQuery と Looker を使用して医療データ分析を開始するために必要な主な手順を理解できました。

©Google, Inc. or its affiliates. All rights reserved. Do not distribute.